Hlavnou prioritou je optimalizácia medzi ekonomickým využitím územia a potrebou zachovania ekologickej stability krajiny. Na základe analýzy stavu jednotlivých zložiek ŽP, ako aj jednotlivých faktorov, ktoré významne ovplyvňujú celkovú kvalitu ŽP, možno stanoviť priority pre SZOO a následné opatrenia v kontexte s NEAP-om. Uvádzame niektoré podstatné:
 

• Pre ovzdušie - rekonštruovať a modernizovať technologické zariadenia EVO I a EVO II, inštalovať technologické zariadenia na elimináciu prchavých organických látok v a.s., Bukóza Vranov n/T a Chemko,a.s., Strážske, modernizovať energetické hospodárstvo v a.s., Chemko, Strážske, Chemes, a.s., Humenné a Bukóza, a.s., Vranov n/T, prijať opatrenia na znižovanie množstva prchavých organických zlúčenín a perzistentných organických látok a iných plynov spôsobujúcich skleníkový efekt a látok poškodzujúcich ozónovú vrstvu v EVO, Chemes, a.s., Humenné, Bukóza, a.s., Chemko, a.s., Strážske.
• Pre vodu - prednostne zabezpečovať zlepšovanie kvality vody v Laborci s cieľom ochrany podzemných vôd zvodnených vrstiev pre účely získavania pitnej vody (najmä realizovať intenzifikáciu ČOV pre Michalovce, okolité obce a rekreačnú oblasť Zemplínska šírava), systémom technických opatrení zlepšovať kvalitu vody v Ondave, prednostne pod výusťami z Bukózy, a.s. a následne z výuste odkaliska v Poši, ktoré je v prevádzke a.s., Chemko, Strážske, budovať vodovodnú a kanalizačnú sieť v obciach s lokálnym zásobovaním pitnou vodou v dôsledku jej nevyhovujúcej kvality.
• Pre pôdu - prijať opatrenia na dekontamináciu najviac znehodnotených pôd, revitalizovať územia narušené poľnohospodárskou výrobou a vytvárať optimálnu štruktúry pôdneho fondu krajiny, vytvárať podmienky pre zastavenie procesu zmenšovania diverzity a podporovať aktivity na plnenie krajinotvorných funkcií pôdohospodárstva.
• Pre biotu - vypracovať dokumentácie miestnych územných systémov ekologickej stability pre Trebišov, Michalovce, Vranov n/Topľou, Humenné, Strážske, Sečovce a obcí, ktoré patria do okolia Vojan, Medzibodrožia a Zemplínskej šíravy, realizovať záchranné programy kriticky ohrozených druhov fauny a flóry v SZOO, realizovať opatrenia vyplývajúce z programov starostlivosti o Ramsarskú lokalitu Latorica.