V riešenom území SZOO sa zabezpečuje poľnohospodárska produkcia na výmere 112 461,39 ha poľnohospodárskej pôdy, čo je 73,46 % z celkovej výmery územia. Kontamináciou sú ohrozované pôdy s najvyšším bioenergetickým a produkčným potenciálom. Technickým znehodnocovacím zásahom v území je systematické odvodnenie. V pôdach došlo k zábrane prirodzenej reprodukcie úrodnosti i postupnej kumulácii toxických látok a ťažkých kovov. Výsledky diagnostiky obsahu toxických prvkov (Oblastný výskumný ústav agroekológie Michalovce 1994, 1996) dokumentujú kumuláciu kadmia a olova v ornici v hraničných koncentráciách kontaminovanej pôdy. Na pozemkoch v blízkosti fariem živočíšnej výroby sú zistené obsahy zvýšených koncetrácií anorganického dusíka v spodných horizontoch pôdneho profilu v nitrátovej forme, ktoré vážne ohrozujú a znehodnocujú kvalitu podzemných vôd. Ďalej vodnou eróziou je potencionálne ohrozených cca 18,5% orných pôd. Vápnenie pôd v SZOO je základným agrochemickým opatrením aj pre elimináciu toxicity pôsobiacich polutantov vrátane ťažkých kovov. Na podstatnej výmere poľnohospodárskej pôdy treba prevádzať melioračné, resp. udržiavacie vápnenie pôd. Druhým komplexným opatrením je udržanie obsahu kvalitného humusu, zvýšenie sorpčných vlastností defektných pôd na humus. Koncentráciu imisného spádu v orničnej vrstve možno zrieďovať kypriacimi zásahmi do pôdy a dôsledným uplatňovaním hĺbkovej orby.