Súčasná krajinná štruktúra SZOO je výrazne antropogénne poznamenaná extrémnou poľnohospodárskou výrobou, čím sa pôvodná krajinná štruktúra typická pre nížinné oblasti Slovenska výrazne zmenila. Prakticky sa zlikvidovali typicky nížinné mokraďné ekosystémy, ktoré plnili regulačnú funkciu obehu vody v prírodných ekosystémoch s priaznivým dopadom na retenčnú kapacitu a tvorbu vhodných genofondových podmienok. V sledovanom území sa nachádza 1 CHKO a 21 maloplošných chránených území. Jedným z významných prvkov SZOO sú rôzne typy vôd a močiarov a teda aj vodnej a močiarnej vegetácie s pestrou paletou živočíšnych druhov, ktoré patria k eurosibírskej zložke. Ďalej sú to orientálne druhy, druhy európskeho rozšírenia, vyskytujú sa tu aj mediteránne prvky. Väčšina najzachovalejších močiarnych a vodných spoločenstiev je situovaná pozdĺž Latorice v medzihrádzovom priestore (CHKO Latorica). Fauna i flóra biotopov tejto oblasti odráža pôvodný špecifický nížinný charakter inundovaných biotopov. Biota je navyše obohatená o niektoré boreálne prvky Karpatského oblúka. Kumuláciou negatívnych prvkov pôsobiacich na prírodu v rámci SZOO boli jednotlivé kategórie maloplošných chránených území začlenené do troch stupňov ohrozenosti, pričom v optimálnom stave je cca 20% týchto území, k stavu degradácie sa blíži 18%, zvyšok patrí do kategórie ohrozených.