Veľmi významný a podstatný vplyv na pôdu majú exhaláty vznikajúce spaľovaním uhlia, najmä zlúčenín síry (spôsobujú okysľovanie pôd) a ťažké kovy. Fytotoxicita arzénom, olovom a inými ťažkými kovmi sa popisuje ako inhibíca enzýmových systémov, čo sa navonok prejavuje v zníženom raste, vo vývoji a vo zvýšenom obsahu týchto prvkov v nadzemnej hmote. To má zároveň negatívny dopad na živočíšnu výrobu.

        V sledovanej HNOO je znečistenie pôd spôsobené priemyslom a energetikou. Zdrojmi exhalátov sú ENO, o. z., Zemianske Kostoľany a Tepláreň Handlová. Určujúcim rizikovým prvkom je však arzén z elektrárenského popolčeka. Oveľa toxickejšie je jeho pôsobenie na živočíchy a človeka, vzhľadom na jeho tendenciu akumulácie v telových orgánoch.

        Riešené územie sa vyznačuje i rozsiahlymi plochami zosuvu pôd, predovšetkým v oblasti Handlovej, Chrenovca, Veľkej a Malej Čausy. Zosuvy sú podmienené geologickou stavbou územia, hydrologickými podmienkami i členitosťou územia. V okolí Novák a Handlovej je prostredie negatívne ovplyvňované aj ťažbou uhlia, a to vznikom banských háld, ktoré sú neplodnou plochou a prepadávaním povrchu, kde dochádza ku vzniku bezodtokovej depresie s následne zamokrenými plochami.