Alúvium stredného toku riečky Rudavy na Záhorskej nížine patrí k jej významným lokalitám. Široké spektrum biotopov s vysokou biodiverzitou, zaujímavý historický vývoj, ešte donedávna priaznivé extenzívne využívanie antropicky podmienených stanovíšť, to sú činitele, ktoré podmienili existenciu po prírodovednej stránke jedinečnej a ľahko zraniteľnej lokality.

        Riečka Rudava preteká stredom Záhorskej nížiny, pričom stredná časť jej toku od sútoku s Rudávkou, cca po Veľké Leváre, leží v oblasti naviatych pieskov. Vďaka vysokému stavu podzemných vôd tu došlo k zrašelineniu. Nakoľko sa v záujmovom území doposiaľ nerealizovali meliorácie, spojené s jednostranným, prekotným odvodnením, možno tu ešte recentne zaznamenať celý rad slatinných a rašelinných spoločenstiev, typických pre Záhorie.
 

 
V súčasnosti na Záhorí nezvestný druh - diablik močiarny (Calla palustris) v alúviu Rudavy v roku 1981
 
        Rudava je ľavostranným prítokom Moravy. Vznikla sústredením tokov v malokarpatskej depresii a prezeraním komlexu viatych pieskov pri poklese rieky Moravy. Preto sa tu stretávajú dva typy reliéfu : eolický - vytvorený vetrom a fluviatilný - vytvorený činnosťou vodného toku. Geologickým podkladom sú nespevnené neogénne sedimenty a kvartérne sedimenty - aluviálne naplaveniny, rašelina a eolické piesky. Chemizmus substrátu je extrémne kyslý, čo sa odráža v extrémnych pôdnych a vegetačných pomeroch. Záujmové územie charakterizuje široké spektrum biotopov. Spomeňme fytocenózy ostricovo - jelšového lesa, ktoré sú tu najzachovalejším močiarnym biotopom s významnými hygrofytmi ako Calla palustris, Hottonia palustris, Hydrocharis morsus-ranae, Crepis paludosa. Na okraje lužného lesa sú viazané Blechnum spicant a pomerne nový druh slovenskej flóry Agrymonia procera - subatlantický silikátový druh, nadväzujúci tu na obdobné biotopy ako na južnej Morave.

        Pod hájovňou Mikohal je raritou reliktný Allium victorialis, Hesperis matronalis subsp. candida, Corralirhiza trifida, ktorá je tu pravdepodobne splavená z Malých Karpát.

        Z nelesných spoločenstiev najvyššou biodiverzitou oplývajú slatinné močaristé lúky. K sublitorálnym spoločenstvám vysokých ostríc patrí vzácne spoločenstvo Caricetum appropinquatae Aszód 1936. Vyskytuje sa na trvalo podmáčaných slatinách s vysokou hladinou podzemnej vody, vystupujúcej po väčšinu vegetačného obdobia nad povrch. Spoločenstvo charakterizuje dominancia Carex appropinaquata, z význačných druhov sa tu vyskytuje Menyanthes trifoliata a vzácny Pedicularis palustris.

        Z elitorálnych spoločenstiev vysokých ostríc nachádzame na strednom toku Rudavy spoločenstvo Caricetum gracilis (Almquist 1929, Tűxen 1937). Zo vzácnych nordicko - sibírskych spoločenstiev prechodných rašelinísk sú tu vyvinuté dve spoločenstvá : jedným je ostricovomachové spoločenstvo s prítomnou Carex lasiocarpa a Peucedanum palustris - Peucedano - Caricetum lasiocarpae Tűxen 1937, druhým je veľmi ohrozené spoločenstvo Caricetum diandrae (Almquist 1929, Jonas 1933) vyskytujúce sa v malých, trvalo podmáčaných zníženinách slatinných lúk.
 
 

Močaristé lúky meandrujúcej riečky Rudavy sa vyznačujú vysokou biodiverzitou

 
        Zo spoločenstiev údolných podmáčaných lúk a mokradí sa na strednej Rudave nachádza fragmentárne spoločenstvo Cirsietum rivularis, (salisburgensis, Noviński 1927) predstavujúce prechodné porasty medzi pôvodnými spoločenstvami slatinových lúk a spoločenstvami trvale alebo prechodne zaplavovaných lúk na minerálnych pôdach. Tvoria ho predovšetkým kvitnúce aspekty pichliača potočného (Girsium rivulare). V súčasnosti v dôsledku nepriaznivých sukcesných vplyvov sú už chudobnejšie (nádherné ešte na Červenom rybníku pri Lakšárskej Novej Vsi).

        Z ochranárskeho i prírodovedného hľadiska sú na strednej Rudave ako jedny z najzaujímavejších spoločenstvá striedavo vlhkých jednokosných lúk, hlavne pod sútokom Rudavy s Rudávkou. Bezkolencové lúky s Carex davalliana patria floristicky k najzaujímavejším. Vyvinuli sa na slatinových pôdach s vysokým stavom a relatívne malým kolísaním hladiny podzemnej vody (letná hladina neklesá pod 30 cm). Rastie tu Molinia coerulea, vzácne nízke a vysoké ostrice, z ochranársky význačných druhov spomeniem : Drosera rotundifolia, Comarum palustre, Scorzonera humilis, Menyanthes trifoliata, Triglochin palustre, mimoriadne významný Baeothryon alpinum, tiež významný boreálny glaciálny relikt Rhynchospora alba (najbližšie na Slovensku rastie až na Orave). Zo vstavačovitých je to Epipactis palustris, Dactylorhiza incarnata, len nedávno na Rudave objavený Liparis loeselii - jednoznačne najvzácnejšia orchidea Slovenska ! Je to len malá populácia ohrozená nielen výraznou sukcesiou, ale aj zmenou vodného režimu lokality (nedávno vykopaný odvodňovací kanál). Len účinný zásah kompetentnej ochranárskej inštitúcie môže zachrániť túto v súčasnosti jedinú recentnú lokalitu hľuzovca Loeselovho na Slovensku. Na mezotrofných slatinových pôdach tu rastie na Slovensku veľmi vzácny subatlantský druh Carex pulicaris.
 
 

Meandrujúca riečka Rudava

 
        Neďaleko od posledne menovanej ostrice, pod mostom pri hradskej Malacky - Studienka je rašelinná lúka s ešte donedávna tu rastúcou Drosera rotundifolia, podobne je na tom aj Rhynchospora alba (platí to aj pre jej lokalitu pod sútokom Rudavy s Rudávkou). V máji a začiatkom júna skrášľuje lokalitu veľmi hojná Dactylorhiza majalis, početné kolónie Menyanthes trifoliata sú čoraz viac v dôsledku narastania pre ňu negatívnych ekologických parametrov sterilné. Pomerne hojná je Viola palustris, kedysi aj tu rástol diablik močiarny (Calla palustris). Z bezkolencových lúk je známy Iris sibirica, Dianthus superbus subsp. superbus, Gentiana pneumonanthe, Parnassia palustris, atď.

        S lužnými lesmi, mokrými lúkami, močiarmi a rašeliniskami sa v špecifických podmienkach striedajú fytocenózy kyslých viatych pieskov. Medzi význačnými psamofytmi dominujú : Silene conica, Silene borystenica, unikátna Spergula pentandra (jednu z jej bohatých lokalít zničilo nedávne rozoranie s následnou intenzívnou pastvou na pieskovej dune), ďalej Veronica dilenii, Pulsatilla pratensis subsp. bohemica, panónske piesky zastupujú Dianthus serotinus, Kochia laniflora, ktorá v Rakúsku a na južnej Morave pravdepodobne už vyhynula. Výskyt Biscutella laevigata agg. a len neďaleko od alúvia Rudavy rastúceho prealpína Daphne cneorum na kyslých pieskoch Záhoria je oproti ich typickým slovenským lokalitám výnimočný.
 
 

Prechodné rašelinisko pod sútokom Rudavy a Rudávky v dôsledku nepriaznivého sukcesného vývoja výrazne zaniká

 
        Súčasný stav, najmä spomenutých unikátnych močiarnych biotopov s vysokou biodiverzitou je veľmi nepriaznivý. Prechodné rašelinisko pod sútokom Rudavy s Rudávkou je v dôsledku dlhotrvajúceho živelného vývoja, s absenciou jeho extenzívneho využívania v minulosti (kosba, zrejme aj pastva), takmer zničené. Husté nálety jelšín i trsti obyčajnej tu doslova “zadusili” jedinečný boreálny relikt Baeothryon alpinum, podobne dopadla v minulosti tu veľmi hojná Drosera rotundifolia, atď. Účinný a kvalifikovaný manažment tu v súčasnosti nezvestné spomenuté druhy pravdepodobne obnoví, nakoľko vodný režim tejto lokality je dosiaľ zachovaný.